Ang malalim na pagproseso ng mais ay ang tiyak na pagganap ng pag-optimize ng istrukturang pang-industriya, pagpapalawak ng kadena ng industriya, pagtaas ng dagdag na halaga ng mga produkto, at isa ring mahalagang hakbang upang malutas ang mga problema ng agrikultura, mga rural na lugar at mga magsasaka. Halimbawa, ang biological na alkohol ay maaaring pinuhin. Gamitin ang mais bilang alkohol upang malutas ang problema sa enerhiya. Isa pang halimbawa: corn germ meal, ethanol germ meal feed, corn husk spraying, corn husk, corn gluten powder, bran, atbp.